区别在于；卫生许可证是颁发给与食品卫生有关的企业，比如，饭店、食品加工、旅游服务及相关企业。医疗许可证是卫生医疗主管部门颁发给医院、卫生所、以及其它从事医疗活动有关的单位及个人。两者区别很大。

主要区别是，医疗机构执业许可针对的是医疗机构，行为标准技术资格。公共场所卫生许可针对的是公共场所，行为标准是卫生条件。