2002年建校。

云南农业职业技术学院前身是始建于1904年的云南蚕桑学堂。

2002年，经云南省人民政府批准，由原云南省农业学校和云南省畜牧兽医学校合并组建云南农业职业技术学院。

2018年，云南省种畜繁育推广中心、云南省种禽繁育推广中心和云南省原种猪繁育推广中心并入学院，并加挂云南省种畜繁育推广中心。

云南农业学院创办于1938年，为国立云南大学农学院，现更名为云南农业大学，位于云南省昆明市黑龙潭旁，为云南省省属重点大学之一。