学院创建于1958年7月，由原上海第二医学院分迁和安徽医学院援建而成。

1968年8月经安徽省革委会批准改称蚌埠反修医学院。 1970年11月蚌埠反修医学院更名为安徽医学院蚌埠分院。 1974年6月，国务院科教组发文通知恢复蚌埠医学院。

截至2014年10月，该校占地面积近1000亩，总建筑面积达33万平方米，新校位于蚌埠市风景秀丽的龙子湖畔。设有18个本科专业（含专业方向），面向全国18个省市招生；有3个一级学科硕士学位授权点，29个二级学科授权点。有教职工3000余人；普教本科在校生近13000名，硕士研究生近1000名。

蚌埠医学院占地1098亩，总建筑面积达33万余平方米，学院原址位于安徽省蚌埠市治淮路801号

蚌埠医学院占地面积 1580 余亩,总建筑面积达 46.37 万平方米。

截至2021年3月，学校有龙子湖校区、治淮校区、宏业校区、淮上校区和高铁校区5个校区，占地面积1760余亩，总建筑面积达46.37万平方米

蚌埠简称“蚌”，也叫珠城，是全国性综合交通枢纽和皖北区域性中心城市。蚌埠这个城市因为交通运输而兴盛。是京沪高铁、京福高铁重要站点。

蚌埠市的高等院校也不少，主要有安徽财经大学、蚌埠医学院、蚌埠学院、安徽科技学院龙湖校区等。