如果塔吊指挥证被盗用，应第一时间向当地公安机关报案，并留下相关证据和证件复印件。同时，及时联系颁发机构注销原证件，重新申请补办，确保自身合法权益。在此期间，不得擅自操作塔吊，以免发生安全事故。在塔吊工作中，要保管好自身证件，避免被盗用。