1. 参赛资格不同：

全运会：每届前三年，每年全国比赛都有席位，根据项目不同获得席位方法不同。

大运会：只限在校大学生和毕业不超过两年的大学生。

2. 主办方不同：

全运会：国家体育总局主办。

大运会：教育部、国家体育总局、共青团中央联合主办，分届次由不同省市人民政府承办。