出生缺陷干预救助基金会的申请填写步骤如下：

填写救助申请表。

提供身份证明、家庭收入证明、出生缺陷证明、相关病历及医疗费用票据等复印件。

将申请材料提交至户籍所在地或实际居住地的县级卫生健康部门或出生缺陷干预救助基金项目管理办公室。

具体可咨询相关机构获取帮助。