差别是有的。第一，签订合同。

事业编制辅导员签订的是是事业单位聘用合同，纳入各级正式编制进行统一管理。没编制辅导员签订的是劳务派遣合同，签订对象是派遣公司，后续无论是合同续签、医保保险，还是职级晋升等都需要找派遣公司办理。

第二，选拔任用。

目前，部分高校开始将有无编制作为选拔任用中层以上干部的基本门槛，短期内无编制辅导员上升空间可能受限。

一般大学设立辅导员岗位，有编制是国家公职人员，没有编制是合同制职工，在工资水平，社会保险待遇上有很大区别，还有就是社会身份