学院创建于2002年，时名福建农林大学东方学院，属于独立学院。

2019年6月，经教育部批准，由独立学院转设成为民办本科高校，更名为福州工商学院。

截止2020年10月，学院校区面积近800亩，规划面积1200亩，在校生近8000人。