根据我所了解的情况，电子档案的使用在许多领域都越来越普遍，包括客运资格证的管理。电子档案可以更便捷地进行存储、检索和管理，并且可以避免传统纸质档案易丢失、易损坏等问题。因此，我认为客运资格证采用电子档案的可能性很大。如果您需要更准确的信息，建议您查询相关官方文件或咨询相关部门。