在秘密入侵的结局中，主角瑞安终于成功地入侵了敌人的计算机系统，并发现了一项可怕的阴谋——敌人正在策划一次规模空前的网络攻击，将会导致数千家公司和数百万人受到影响。

瑞安决定阻止这次攻击，但他需要操控整个计算机系统才能做到这一点。

他开始与时间赛跑，破译密码，奋力追逐，最终成功阻止了攻击计划，并帮助警方抓捕了责任人。故事以主角的胜利告终，但他也知道，网络的黑暗边缘永远存在，必须要时时保持警醒，保护自己的信息和财产。