在最新一轮国内学科评估中，南京医科大学的表现非常突出，其预防医学位列国内第一，临床医学、口腔医学、基础医学、护理学均处于B+等级即国内二档第一集团，药学处于B等级。各学科的评估成绩除临床医学与苏大相当，其它学科方面均更加突出。