国务院司法行政部门主管全国鉴定人和鉴定机构的登记管理工作。省级人民政府司法行政部门依照本决定的规定,负责对鉴定人和鉴定机构的登记、名册编制等工作

社会上的鉴定机构,归司法部、司法局等司法行政机关管理,如:广东南天司法鉴定所。

公安部门内部的鉴定机构,一般设在刑事技术部门,归省厅管理,司法部只是形式上负责登记工作,无评价或管理权,如:广东省公安司法鉴定中心。

司法鉴定机构只是属于司法局管理的社会机构，不是司法局的下辖单位，可以是社会上的中介机构，比如会计事务所、评估公司等，也可以是医院等事业单位，但都是经司法行政部门核准的具有司法鉴定资格的机构。