两者没有区别，只是叫法不同，都是指招标单元自己制定招标内容、项目、评分标准、投标日期，自己发布招标公告，并在接到投标文件后进行开标、评分等工作。

招标的权利大小不同。自主招标是法定主体为主，其监管部门有责任提出招标意见。自行招标不需要监管部门来参与，自己有决定权。