《农村集体经济组织登记证》原则上由县级人民政府农业农村行政管理部门负责发放并加盖印章，各省也可以根据实际情况确定由地市级或者省级人民政府农业农村行政管理部门发放登记证并加盖印章，具体工作由农村经营管理机构承担。经国务院、省级人民政府批准设立的开发区等区域，以及不设农业农村行政管理部门（或农村经营管理机构）的地区，其辖区内的农村集体经济组织由上级地方人民政府农业农村行政管理部门（或农村经营管理机构）负责发放登记证并加盖印章。