监理发现施工单位重复计量后处理方法如下：

按照工程量计量规范和合同约定不予计量，扣除重复计算的工程量，并根据情节给予施工单位警告，否则双倍扣除。监理审查工程量是决定控制施工现场工程造价的主要因素,核定工程量是否准确,防止出现漏项,是结算工作的关键。工程量审核的第一步是现场查证,即要以现场实际勘测、计量为依据,跟踪了解施工全过程,而不能单纯地依靠设计。