1989年6月2日经国务院批准，海关总署决定在潮州市设立潮州海关（处级），隶属汕头海关。

1991年3月1日，潮州海关正式开关。内设3个科级机构：办公室、货运监管科和调查科。关区范围为潮州市的潮安县、湘桥区和枫溪区。

1997年7月10日，海关总署批复同意设立驻潮安办事处（副处级），隶属潮州海关领导。

1998年12月15日，海关总署根据国务院批复同意成立中华人民共和国汕头海关走私犯罪侦查分局（副厅级），下设潮州支局等7个分支机构。

1999年12月28日，潮州海关缉私分局正式成立。

目前，潮州海关内设办公室（党委办公室）、人事政工监察科（党委组织宣传部）、综合业务科、查检一科、查检二科、企业管理科、稽查科、监控分析科，为属地型海关，管辖范围为广东省潮州市湘桥区、枫溪区和潮安区