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卫生许可证会自动注销。卫生许可证有效期届满未办理延续的，卫生许可证自动注销； 食品生产经营者在卫生许可证有效期内，停止食品生产经营活动一年以上的，卫生许可证自动失效并由原发证机关注销。

【法律依据】

《食品卫生许可证管理办法》第44条，有下列情形之一的，卫生行政部门应当依法注销卫生许可证：

（一） 卫生许可证有效期届满未延续的；

（二） 食品生产经营者依法终止的；

（三） 卫生许可证依法被撤销、撤回或者卫生许可证依法被吊销的；

（四）依法应当注销卫生许可证的其他情形。

不会自动注销，但是会自动作废。凡是前期办理的卫生许可证，后因管理机构性质变化，从而导致原办卫生许可证，必须要申请变更换为食品经营许可证。同时卫生许可证失效作废。