不会影响。新交规规定：机动车驾驶人初次申请机动车驾驶证和增加准驾车型后的12个月为实习期。持有大型客车、牵引车、城市公交车、中型客车、大型货车驾驶证的驾驶人在一年实习期内记6分以上但未达到12分的，实习期限延长一年。你申请增驾A1准驾车型还没有考完所有科目，取得A1准驾车型驾驶资格，也就是还没有进入增加准驾车型后的实习期。在此期间被扣6分不会影响今后的实习期。