用人单位扣押劳动者的毕业证是违法行为。如果只是收取办理相关手续，则不违法。法律依据：《劳动合同法》第九条用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。