可以同时认定两门。因为教师资格证的认定是基于考试和教龄的，在考试中合格并具有一定教龄的情况下，就可以认定相应的教师资格证。所以同一人可以同时认定多个教师资格证，只要符合考试及教育经验要求即可。另外，同时拥有多个教师资格证也有一定的好处，可以拓宽自己的教学范围，提高教学质量，并有利于跨学科教学、跨区域就业等方面的发展。