1、依据不同：许可依据的一般法规和规章等不同：食品企业许可依据的是食品生产许可管理办法，食品小作坊依据的是省食品安全条例。

2、申请人的主体资格范围不同：食品企业申请人是企业法人、合伙企业、个人独资企业、个体工商户等均可，小作坊只可以是个体工商户。

3、申请许可的食品类别不同：食品企业可申请食品类别28类，小作坊申请类别19类，且具体类别也不尽相同，因此在办理生产许可证时要注意。