没有区别，“北方交通大学”是北京交通大学的曾用名。北京交通大学1921年参与合并组建交通大学；1923年更名为北京交通大学；1970年恢复使用“北方交通大学”校名；2003年恢复使用“北京交通大学”校名。

是同一所大学不同时期的名称而已。现在的北京交通大学在以前的某一个时间段内名字叫北方交通大学。后来在上世纪九十年代，更名北京交通大学，直到现在。