北京协和药学研究所跟清华大学没有什么关系。北京协和药学研究所应该是独立的研究单位，北京协和药学研究所可能会与清华大学在某些科学研究方面建立相应的合作关系，但是这并不代表北京协和药学研究所就隶属于清华大学，所以说北京协和药学研究所不能算是清华的。