赣南医学院和新乡医学院在院校历史、专业设置等各有优势，如果您倾向于接受更悠久历史学校的教育，并且希望选择一所有强科研实力的学校，可以选择赣南医学院的某个优势学科专业。如果您更倾向于在地理位置上选择河南省，希望选择国家“111计划”入选高校，可以选择新乡医学院的某个特色专业。详细对比如下：

1.院校历史：赣南医学院的前身是创办于1941年的江西省立赣县高级助产职业学校，经历了几十年的发展，对于医学教育有深厚的历史底蕴。新乡医学院的医学教育始于1922年，是早在国内进行西医教育的学校之一，院校历史悠久。

2.地理位置：赣南医学院位于江西省赣州市，新乡医学院则位于河南省新乡市。如果您对生活环境有特殊的喜好或需求，这是一个需要考虑的方面。

3.特色专业：两所学校均为医学院校，拥有丰富的医学类专业供选择。具体到具体专业的优势，还需要进一步查找每个学校的专业排名和声誉。

赣南医学院好些，赣南医学院坐落在江西南部、京九铁路线上的历史文化名城——赣州市内。中国科学院院士韩济生教授担任名誉院长。学校前身为创办于1941年的江西省立赣县高级助产职业学校，1958年建立赣南医学专科学校