徐州医科大学有两个校区，主校区和西校区。主校区主要是本科生和部分研究生；西校区则是一些临床见习和临床实习的本科生和部分研究生。

主校区相对来说比较大，但比起徐州矿业大学，也还是很小啦。多大面积不好说，步行到达校内的任意一处，15分钟肯定是能走到的。上课基本都是在教学主楼和科技楼进行。

有徐州医学院老校区，主校区，三本校区（华方校区）。新生入学在主校区，到大四部分专业搬到老校区。