基本流程大致可以分为准备、实施和报告三个阶段，具体步骤如下：

1、准备阶段：

调查了解被审计单位或项目，包括其经营状况、经营环境等。

确定相关领域或需要调查的事项，明确审计目标与范围。

建立审计评价标准，界定审计证据，编制审计实施方案。

2、实施阶段：

收集审计证据，包括财务数据、市场信息等。

对审计证据进行归集保管，并进行整理分析。

3、报告阶段：

提炼初步的审计结论，与被审计单位交换意见。

起草审计报告，包括对被审计单位的经济效益状况进行系统分析，指出制约经济效益提高的因素，并提出具体的建议和措施。

进行后续审计，验证审计结论的正确性，并帮助被审计单位实现经济效益。

此外，经济效益审计还涉及到生产、技术、经营等各个方面，需要制定切实可行的经济效益审计工作计划，采用多种审计方法进行测试，以找出薄弱环节并提出改进意见。在报告阶段，很少作出强制性的审计决定，而是通过审计报告和审计结论由被审计单位自行改进。后续审计阶段在经济效益审计的程序上显得尤为重要，因为经济效益的实现并非一朝一夕之功，需要被审计单位的职工付出艰辛的劳动。