军民两用机场的保密主要通过以下措施实现：

分区管理和自成体系的设施管理： 军民两用机场的使用管理原则上由机场产权单位负责，可以根据需要和实际情况划分区域，实行分区管理。军民航专用设施应尽量分开修建，自成体系，自行管理，以确保军事和民用部分的隔离。

提高保密意识和遵守保密纪律： 通过制作和播放保密安全宣传片，提高工作人员和公众的保密意识，确保所有人都能严守国家秘密。