我是中科院的，本科也是学自动化。

中科院与自动化相关的研究所有很多，在北京除了自动化所之外还有电子所和电工所（很强，很难考），空间中心也不错，计算所和软件所也可以（研究方向是模式识别）。京外的研究所如沈阳自动化所（我个人感觉比北京自动化所要好，北京自动化所这几年搞模式识别搞的太多了，把电气控制这一块丢的差不多了，沈自所是标准的自动化，而且有机器人国家重点实验室）。此外，长春光机所和上海光机所也算招自动化专业的相关研究生。总之中科院每个所的方向不一样，但是自动化专业的方向比较广，可考虑的单位还会很多的。祝你好运。