水处理工程师的资格认证一般由国家相关的部门颁发，如中国环境保护部、国土资源部等，同时还有多个行业协会也可以认证。不同地区的认证主管部门也有所不同，但大多数都要求申请人需要具备相关的学历、工作经验和技能证明，并且需要通过专业的考试才能获得资格认证。

获得资格认证后，水处理工程师就可以担任各种水处理工程项目的设计、实施和管理工作，为保障水源的安全和可持续性发挥重要作用。

国家水利部

水处理工程师证是由国家水利部颁发的证书。另外，废水处理工程师证书是由中国管理科学学会培训中心颁发的。所以属于国家水利部