亳州市三县一区立足自身的特色资源优势，面向市场，筛选并逐步培植自己的主导产业，先后形成谯城区58万亩中药材、60万亩蔬菜，涡阳县20万亩苔干，涡、蒙、利三县200万亩脱毒红芋、150万头黄牛，涡、蒙、谯三县区100万亩优质麦，蒙城30万亩优质棉，30万亩优质花生等一批上规模的主导产业区

亳州农作物以小麦，大豆，红芋，高粱为主。亳州是全国优质农副产品生产基地。盛产小麦、大豆、玉米、棉花、烟叶等粮经作物，是国家重要的商品粮、商品棉生产基地。

亳州市也是中华四大药都之一，种植中药材的也比较多，主要是白芷，白术，白芍和菊花。