中央财经大学、东北财经大学、武汉大学、合肥工业大学、浙江工商大学、浙江理工大学、吉林大学、上海财经大学、厦门大学、江西财经大学、青岛大学、电子科技大学、西南财经大学、河南理工大学、武汉大学、华中师范大学、湖南大学、国防科技大学、中南大学、中山大学、华南理工大学、重庆邮电大学、西安理工大学、山东大学、重庆大学、对外经济贸易大学、大连理工大学等开设有电子商务专业的研究生。沈阳工业大学的企业管理专业下设有电子商务系统开发与管理方向的研究生。