苗木检疫证明的开具需要经过农业部门依法办理，具体步骤如下：

1、携带检疫证明申请报告书，原病原植物标本，原病原植物出入境检疫合格证、原产进口国授权检疫机构出具的检疫证明等相关材料前往当地市级农业部门办理；

2、按照申请要求，提交相关材料后，经农业部门审核，同意出具检疫证明；

3、该检疫证明具有苗木出入境的证明功能，按照农业部门的要求，填写正确的信息，如苗木的种类、数量、苗木出入境目的地等；

4、经农业部门审核通过，发放检疫证明，其中苗木出入境的检疫证明有效期为一年。

苗木检疫证由县级林业局开，开苗木检疫证有两个途径，一是用苗木产地检疫记录去林业局森林植物检疫站换取正式的检疫证明，

二是由县局森检站工作人员到苗圃现场调查检验，合格后开具苗木检疫证。产地检疫记录是森防站人员在苗木生长期间会同苗圃技术员的调查记录。