南通门诊特殊病种的申请流程主要包括以下几个步骤：

1. 病人就诊初诊：病人首先需要前往南通医疗机构进行初诊，由医生初步判断是否符合特殊病种的门诊申请条件。

2. 申请资料准备：如果病人符合特殊病种门诊申请条件，接下来需要准备相关的申请资料。这些资料可以包括病历、检查报告、诊断证明、救治措施建议书等。

3. 申请材料审核：病人将申请资料提交给南通医疗机构，由医院相关部门进行审核。审核人员会对材料的真实性、完整性、医疗必要性等进行评估。

4. 申请审批：审核通过后，病人的申请将被提交给南通医保部门进行审批。医保部门会对申请进行审查，根据相关政策和规定决定是否批准特殊病种的门诊申请。

5. 批准结果通知：审批结果将通过邮件、短信或电话等方式通知病人和医疗机构。如果申请被批准，病人可以根据通知的要求前往指定的南通医疗机构进行特殊病种的门诊治疗。需要注意的是，申请特殊病种门诊的具体流程和要求可能因地区和医疗机构而有所不同，建议咨询具体的医疗机构或当地医保部门，了解详细的申请步骤和要求。

特殊门诊病种办理流程：

1、参保单位或参保个人首次申请须在每季度最后一个月15日以前，凭《医保手册》）到初审医院医保科领取表格并完整填写《特殊病种门诊申请表》，同时备齐申报病种的相关病历资料（或复印件）、一张近期1寸免冠照片，选定一家定点医院和一家特殊病种门诊服务药店就医、购药。

2、初审医院收齐申请人的相应资料后，组织本院医疗专家诊查并初步鉴定。

3、市医疗保险处每季季末组织本市城镇职工基本医疗保险专家委员会进行集中评审，专家委员会根据特门确认标准进行逐个审定。

4、经市专家委员会评审通过的，特门申请人在下个季度第一个月5个工作日以后，携带《医保手册》到市医疗保险处领取《特殊病种门诊专用病历》，评审通过者于当月开始享受基本医疗保险特殊病种门诊待遇。经市专家委员会评审未通过的，注明未批准的原因并书面告知，同时将病历资料退回申请人。

门特办理流程及费用申请门诊特殊疾病审批手续首次办理流程：

1、申请人需携带社会保障卡、整套住院病历（首页盖医院公章）、治疗医院出具的近期门诊诊断书（写清接下来治疗方案，盖医院公章和医生章）、定点医疗机构要求的其他手续。

2、注意事项：诊断书为哪家医院所开具即在哪家医院治疗，半年内不允许更换，如半年后更换医院，需携除住院病历外的其他手续，重新办理；住院病历和诊断书，可以不是一家医院，但要求是近期的；审批有效期为12个月。

3、办理地点：疾病所对应的定点医疗机构医保办（科）办理审批。