重庆市综合评标专家库是由市发展改革部门会同其他有关行政监督部门进行管理的。

具体来说，申请进入市综合评标专家库的人员，需要经过本人申请和单位推荐，并经市级有关行政监督部门或者区县发展改革部门审查同意后，由市发展改革部门纳入市综合评标专家库管理。同时，违反相关法律法规规定的评标专家，经市级有关行政监督部门或者区县发展改革部门作出处罚决定，抄送市发展改革部门后执行。

重庆市公共资源交易监督管理局管理，这个局是市政府设立的，划归到市发改委，局长是副厅级，市发改委的党组成员。