1、发证单位不同。

医师资格证又叫做执业医师资格证，封面是红色的，取得医师资格证的要求是通过全国统一的执业医师（含助理）资格考试，在考试通过之后取得的就是医师资格证；医师资格证是由国家卫生部统一发放的，医师执业证的封面是绿色的，医师执业证不是通过考试获得的，而是需要由医生行医所在地的卫生局发放的；

2、证书期限不同。医师执业证书属于对持证人在医疗技术方面的认可，可以证明持证人具有独立从事医疗活动的技术和能力，证书是永久有效的；医生的工作发生变动，更换了行医的地点或医院，就需要重新注册并且更换医师执业证；