配送公司在做账时，首先需要建立一个完整的会计系统，包括账簿、凭证和报表等。

然后，根据公司的业务特点，记录和核对货物的进出、运输费用、人工成本等相关信息。同时，要及时进行账务核对和调整，确保账目的准确性和完整性。最后，根据会计准则和税法规定，编制财务报表，如资产负债表、利润表和现金流量表等，以便进行财务分析和决策。此外，配送公司还需关注税务申报和纳税义务，确保合规运营。