可以自考，部队也有军队内部的自考。

如果你是在地方院校自考，那你可以跟领导说明情况，不过你要是义务兵就难办了，因为需要请假的，或许你要停考一两年了，不过一般地方自考和部队自考同步，部队一般会安排休息的，当然执行任务期间除外。