云南初级会计证书领取流程如下：成绩合格人员登录云南省财政厅门户网站，点击“在线服务-会计管理”页面，点击“会计考试-证书申领”，进入会计专业技术资格证书申领页面。

申请人输入身份证号码、密码及验证码后，登录系统后自动校验申请人证书级别，进入证书申领页面，填写证书申领相关信息，并上传相关材料，信息填报完整后提交申请，等待审核；财政部门管理人员对申请人的上报材料进行网上审核确认。审核通过后的申请人，需关注云南各州市财政局发布的领证通知；考生须在各州市规定的领证日期内，携带本人身份证前往指定地点领取初级资格证书。