军事院校毕业证跟结业证的区别是:取得军校毕业证，说明已经完成军校规定的学业，各门课程均达到合格标准；而取得军校结业证，说明对军校规定的学业虽已完成，但部分课程未达到合格标准。

毕业证跟结业证最大区别在于，一个是学历凭证，一个是学习凭证。