是，该企业将失去合法经营种子生产的资格和权益。

原因是，种子生产经营许可证是国家对种子生产企业进行管理和监督的重要证件，吊销证件意味着企业违反了相关法规或规定，可能存在严重的违法违规行为或质量问题。吊销证件后，企业将无法合法生产和销售种子产品，可能面临罚款、停产整顿、关闭等处罚措施。不仅对企业本身有影响，也会对种子市场和农业生产带来一定的负面影响。因为种子是农业生产的基础，种子质量的好坏直接关系到农作物的产量和品质。吊销证件可能导致市场上出现假冒伪劣种子的情况，给农民带来经济损失和农作物产量下降的风险。因此，保持种子生产经营许可证的合法性和规范性对于保障农业生产的安全和稳定至关重要。