通常来说，动物检疫证和免疫证是两个完全不一样的概念。

它们的区别主要就是，动物检疫证通常是指动物卫生监督部门经过对养殖场养殖的畜禽进行全程监督而开具的动物健康安全的凭证。而动物免疫证则是动物预防与控制部门按照防疫规定进行的动物流行病预防接种后的防疫证明。

免疫证代表已做了免疫处理或也打疫苗，检疫证是代表检测机构经过检疫给出的证明