在南通申请客运从业资格证，您需要按照以下步骤进行：

1. **了解资格要求**：您需要确保自己符合申请客运从业资格证的条件，这通常包括但不限于年龄、健康状况、驾驶技能等方面的要求。

2. **报名考试**：您可以通过道路运输从业人员从业资格管理系统进行考试报名。现在很多地方已经实现了电子化管理，您可以在线完成报名流程。

3. **参加考试**：根据报名信息，参加相应的客运从业资格考试。考试内容通常包括理论知识和实际操作技能等。

4. **获取电子证照**：自2021年6月1日起，南通市交通运输局启用了《道路运输证》和《从业资格证》的电子证照。这意味着您可以在线获取电子版的从业资格证，它与实体证件具有同等法律效力。

5. **查询核验**：您可以通过江苏省交通运输厅官网进行证照信息的查询和核验。总的来说，以上步骤应该可以帮助您完成南通客运从业资格证的申请。在申请过程中，建议您密切关注南通市交通运输局的最新通知和指南，以确保您的申请流程顺利进行。同时，由于政策和流程可能会有所变化，建议您在申请前进行详细的咨询和准备。