二者是由医疗卫生主管部门来认定的，也就是卫生局来认定的。

营利性医疗机构是指在法律法规范围内从事医疗卫生行业，可以获得一定的利润，是要交营业税的，以私营医院为主。非营利性医疗机构是不以营利为目的，是以提供基本的医疗服务、必要的医疗保障为目的，只是微利或无利经营的医疗机构，一般为公立医院，少数私营医院也可能会被批准为非营利医院，此类医院不需要交纳营业税。