重庆医科大学创建于1956年，由上海第一医学院（复旦大学上海医学院）分迁来渝组建而成，原名重庆医学院，1985年更名为重庆医科大学。

学校是国务院学位委员会批准的首批具有博士和硕士学位授予权的单位。

2008年教育部、重庆市《部市战略合作协议》确定学校为重点建设大学。