1990年末,全市辖12个市辖区、9个县。

从1989年开始，上海的行政区划进行了多次重大调整。最早开始的是区、县合并。

1992年7月，上海县的龙华乡及虹桥乡的3个村并入徐汇区，新径乡及虹桥乡的两个村并入长宁区；嘉定县的长征乡和桃浦乡并入普陀区；宝山区的彭浦乡并入闸北区。

1992年10月，设立浦东新区，管辖范围是原杨浦、黄浦、南市3区的浦东部份，原川沙县的全部及上海县的三林地区。上海县及闵行区合并，成立新的闵行区，区政府也从原闵行地区迁至原上海县政府所在地莘庄。

1992年，嘉定撤县设区；1997年，撤消金山县，与原石化地区合并成立新的金山区；1998年，松江县撤县设区；1999年，青浦县撤县设区；2001年，南汇、奉贤两县同时撤县设区。

2000年，黄浦区和南市区的合并。

2009年，南汇区并入浦东新区。

2011年，卢湾区与黄浦区合并，形成新黄浦区。

2014年，静安区与闸北区的“撤二建一”，形成新静安区。

2016年，崇明撤县设区 崇明撤县设区后，上海共辖黄浦、徐汇、长宁、静安、普陀、虹口、杨浦、闵行、宝山、嘉定、浦东新、松江、金山、青浦、奉贤、崇明16个区，进入“无县”时代。