医保医师代码申请在国家医保官网上进行，在官网上找到医疗机构，进入后注册本单位帐号，进入后填写单位情况，并打印授权申请表，由本院院长签字盖章，扫描申请表上传，成功后，对本院具有执业（助理）医生和护士进行注册，必须上传相关证书并提交，成功后等待上级审核，发放医保医师代码。

在申请注册医保医师时，需要提供医师的执业或助理医师资格证，和其执业证，其证书上的编码输入注册医保医师的页面上，最后拍照片按规定上传其证书。