在南京航空航天大学众多的优秀专业中，称得上最好的专业有6个专业，这些专业是国家级重点学科，也可以说是南京航空航天大学的人才聚集地。

这些专业是电气工程与自动化，飞行器动力工程，飞行器设计与工程，信息工程，交通运输，机械工程及自动化。

南京航空航天大学王牌专业：飞行器设计、电气工程与自动化、工程图学、信息工程、机械工程及其自动化、交通运输、生物医学工程、工商管理等。