专业代码参照目录和指南都是用来规范专业代码的工具，但它们的具体用途略有不同。

参照目录是指专业代码的分类目录，用于将各个专业按照一定的规则进行分类，方便管理和查询。而指南则是对专业代码的编写规范进行详细说明，包括专业代码的命名规则编写格式使用方法等等。因此，如果你需要查询某个专业的代码，可以参考专业代码参照目录；如果你需要编写专业代码，可以参考专业代码指南。