专业部门和综合部门的区别在于，专业部门是指专门研究和专门从事某项专业的部门，比如，医疗医药部门对新冠肺炎疫苗的研发，试验，中国航空航天飞船的研发，试验和实际操作等等，而综合部门则是指不同的工作类别和不同的工作岗位综合办公。

专业部门只负责本部门所从事的专业，而综合部门负责的范围更多更广泛