重庆中医药大学有省级重点学科2个、重庆市高校特色专业1个（中医学）、重庆市一流专业2个（中医学、中药学）、中医药特色学科专业群1个、国家级卓越医生（中医）教育培养计划试点1个，与重庆医科大学共建共享博士学位授权点1个、硕士学位授权点3个，省部级以上科研平台14个、国家级中医药优势特色教育培训基地1个、国家级中药学继续教育基地1个。

首批规划设置中医学、中药学、针灸推拿学、中医骨伤科学、中西医临床医学、中药制药6个本科专业，2022年计划招生1200人，到2025年全日制在校学生（含研究生）达到6000人，到2030年全日制在校学生（含研究生）达到10000人。